Ενάντια στη λειτουργία των Ωνάσειων σχολείων τοποθετείται η ΕΛΜΕ Χανίων, καλώντας τους εκπαιδευτικούς του νομού να μην δηλώσουν συμμετοχή στις επιτροπές θεμάτων και στις επιτηρήσεις των σχετικών εξετάσεων.
Σε ανακοίνωσή της, η ΕΛΜΕ εκφράζει την αντίθεσή της στην ιδιωτικοποίηση της δημόσιας εκπαίδευσης και κάνει λόγο για σχέδιο που μετατρέπει τα δημόσια σχολεία σε πρότυπα κατ’ επίφαση, παραδίδοντάς τα στην ουσία σε ιδιώτες για την εξυπηρέτηση επιχειρηματικών συμφερόντων. Όπως υποστηρίζει, τα Ωνάσεια σχολεία προωθούν τον ακραίο ανταγωνισμό, υπονομεύουν τις εργασιακές σχέσεις των εκπαιδευτικών και οδηγούν σε απώλεια οργανικών θέσεων.